Le logiciel iTunes peut être utilisé pour accéder à l'iTunes Store et d'acquérir des applications ou des applications, à partir de l'iTunes Store. Ces applications sont destinées à être utilisées sur un iPod Touch ou un iPhone. Avant de pouvoir ouvrir une application sur l'iPod, l'application doit être ajouté sur l'appareil. Contrairement aux fichiers audio et vidéo, les applications ne peuvent pas être "traîné" sur un dossier iPod. La méthode pour la synchronisation des applications sur l'iPod Touch ou l'iPhone est le même, cependant, indépendamment de si vous synchronisez manuellement ou automatiquement l'appareil avec iTunes.