Un programme qui ne fonctionne pas correctement, même après une ré-installation, peut-être besoin d'être complètement supprimé. Une fois toutes les clés de fichiers et le registre est supprimé, et le programme est ré-installé, le programme peut travailler à nouveau. Ce sont des mesures drastiques, mais avec des virus, des erreurs d'allocation de mémoire ou une mauvaise programmation, ce sont des problèmes qui peuvent survenir. Suppression du programme comporte trois étapes: la désinstallation, la suppression des fichiers malveillants, et la suppression de gauche, derrière les clés de registre.